Năm 2015, có nhiều thông tin cho rằng hổ ở Thảo cầm viên bị bỏ đói, bị cắt xén khẩu phần ăn nên gầy ốm, tê giác bị mài sừng đem bán nên sừng chúng bị mòn[5] và hiện nay có nhiều thông tin xung quanh việc hổ chết tại Thảo Cầm Viên Sài Gòn bị đem nấu cao nhưng lãnh đạo Vườn thú đã nhanh chóng chối bỏ những thông tin phản ánh này.[6]

Theo phản ảnh trên báo chí tháng 9 năm 2019, có sự thất vọng trong cách đối xử với các loài sinh vật, sự nhỏ hẹp của các chuồng và sự thiếu vệ sinh ở khu vực nuôi nhốt thú, tại khu vực chuồng voi, mùi xú uế bốc nồng nặc từ những bãi phân voi tồn đọng chưa được dọn. Trên các lối đi vào vườn thú, rải rác các vỏ bánh, kẹo của người tham quan vứt lại. Các cửa kính nhìn vào chuồng thú khá cáu bẩn, mờ mịt. Tại khu vực chuồng nuôi nhốt các loài bò sát như cá sấu hay các loài dưới nước sống trong những vũng nước bẩn, chật chội, tù đọng, không gian tù túng và thiếu vệ sinh khiến các sinh vật đang bị nuôi nhốt tại đây lờ đờ, thiếu sức sống, nhiều con vật gầy còm, nhiều khách đến từ nước ngoài bày tỏ sự phẫn nộ khi các loài thú nơi đây sống trong môi trường thiếu chất lượng.[7]